3月23日至24日，三九醫藥2008年度經(jīng)理人年會(huì )在深圳召開(kāi)。會(huì )議明確提出，三九醫藥今后將以發(fā)展戰略為核心，以業(yè)績(jì)文化為導向，以6S為工具，強化基礎管理，全面提升上市公司經(jīng)營(yíng)管理水平。

4月11日，國家藥監局調研組到三九醫藥進(jìn)行專(zhuān)題調研，深入了解中藥配方顆粒劑型開(kāi)發(fā)、生產(chǎn)和銷(xiāo)售等情況。

4月底，三九醫藥新生產(chǎn)基地獲得國家食品藥品監督管理局頒發(fā)的“生產(chǎn)許可證”和“GMP認證”證書(shū)。三九醫藥是廣東省食品藥品監督管理局首次對企業(yè)進(jìn)行“生產(chǎn)許可證”及“GMP認證”同時(shí)驗收的試點(diǎn)單位。公司投資建設的新生產(chǎn)基地在“兩證”認證的各項檢查中，一次性順利通過(guò)驗收。

5月8日，三九醫藥工業(yè)園落成投產(chǎn)，對上市公司在推動(dòng)中藥現代化、擴大生產(chǎn)能力、加快新產(chǎn)品開(kāi)發(fā)、提高產(chǎn)品質(zhì)量和市場(chǎng)占有率，以及提升“999”品牌價(jià)值等方面，起到全方位的促進(jìn)作用，為實(shí)現公司持續、健康、快速發(fā)展打下良好的基礎。

5月30日，三九醫藥2008年投資者見(jiàn)面會(huì )在深圳圣廷苑酒店舉行，此次見(jiàn)面會(huì )的主題是“新視野、新價(jià)值、新三九”。會(huì )上，公司高管與40多位基金經(jīng)理、證券分析師圍繞三九醫藥的成長(cháng)性，進(jìn)行了面對面交流和溝通。

6月16日，由三九醫藥股份有限公司主辦的“中藥配方顆粒學(xué)術(shù)研討會(huì )”在北京召開(kāi)。這次會(huì )議明確提出了中藥配方顆粒的新的定位，對中藥配方顆粒的發(fā)展和進(jìn)一步研究工作提出了指導性意見(jiàn)，對中藥配方顆粒的健康、持續發(fā)展以致國際化將起到非常重要的作用。

6月27日，雅安三九藥業(yè)抗震救災小分隊受到華潤集團表彰。該集體此后于8月下旬受到國務(wù)院國資委隆重表彰。

9月2日，三九醫藥推出新股改方案。

9月26日，三九醫藥股權分置改革相關(guān)股東會(huì )在深圳本部召開(kāi)，會(huì )上宣布決議：三九醫藥股份有限公司股權分置改革項目順利過(guò)關(guān)。隨著(zhù)三九醫藥股改的順利沖關(guān)，為上市公司在資本市場(chǎng)的拓展奠定了堅實(shí)基礎，標志著(zhù)三九醫藥進(jìn)入了全新的發(fā)展時(shí)代。

12月3日，由馬來(lái)西亞華人醫藥總會(huì )理事長(cháng)盧映輝先生帶隊，馬來(lái)西亞中醫師代表團一行24人到三九醫藥股份有限公司本部訪(fǎng)問(wèn)。