1月15日至16日，三九醫藥股份有限公司經(jīng)營(yíng)工作會(huì )議在深圳召開(kāi)。會(huì )議明確：2009年，上市公司將大力推進(jìn)和落實(shí)五項戰略舉措和八項具體工作，從“基礎管理年”轉向“成本效益年”。

 
1月下旬，三九醫藥PDMP（業(yè)績(jì)及發(fā)展管理流程）項目啟動(dòng)會(huì )在深圳召開(kāi)。三九醫藥是華潤醫藥“領(lǐng)導力發(fā)展項目”試點(diǎn)單位，也是華潤集團首家實(shí)施PDMP項目的企業(yè)。

2月11日，國家食品藥品監督管理局副局長(cháng)吳湞，紀檢組長(cháng)李東海率調研組，到三九醫藥股份有限公司考察。

2月11日至14日，新加坡中醫師代表團一行30人來(lái)到深圳，參觀(guān)訪(fǎng)問(wèn)三九醫藥。

3月13日至15日，三九醫藥2009年度經(jīng)理人年會(huì )在深圳召開(kāi)。會(huì )議以上市公司戰略規劃為導向,提出了2009年的管理目標,以及五項戰略舉措和八項具體工作。14家下屬企業(yè)負責人分別與公司簽訂了2009年經(jīng)營(yíng)責任書(shū)。

3月17日,三九醫藥與廣大投資者相聚在深圳喜來(lái)登酒店會(huì )議廳。在這次以“機遇.變革.成長(cháng)”為主題的見(jiàn)面會(huì )上，三九醫藥高管向與會(huì )基金經(jīng)理、證券分析師等投資者介紹公司2008年度業(yè)績(jì)，并就公司未來(lái)發(fā)展、醫藥企業(yè)如何應對新醫改帶來(lái)的機遇和挑戰等話(huà)題，進(jìn)行了面對面交流和探討。

4月7日，中國工程院院士、天津中醫藥大學(xué)校長(cháng)張伯禮一行，來(lái)到三九醫藥股份有限公司深圳總部，就“壯骨關(guān)節丸”安全性研究及二次開(kāi)發(fā)等工作與公司研發(fā)事業(yè)部研究人員進(jìn)行了研討。

6月底，經(jīng)過(guò)廣東省食品藥品監督管理局現場(chǎng)檢查，三九醫藥工業(yè)園全自動(dòng)化運行的高架立體倉庫獲得GSP資質(zhì)，在深圳市三九醫藥貿易有限公司經(jīng)營(yíng)許可證中，將添加新倉庫地址，這標志著(zhù)三九醫藥工業(yè)園已納入完善的GMP、GSP管理體系，上市公司生產(chǎn)管理、物流管理邁上了新的發(fā)展平臺。

6月下旬，三九醫藥（000999）榮登2008年度中國上市公司“金牛百強”和“價(jià)值百強”榜。自7月1日起，三九醫藥（000999）調入滬深300指數，同時(shí)入選滬深300相對成長(cháng)指數、滬深300相對價(jià)值指數、滬深300醫藥衛生指數以及中證中盤(pán)200指數。此前，三九醫藥（000999）已入選深圳證券交易所100成份指數。這充分說(shuō)明三九醫藥上市公司受到資本市場(chǎng)的高度認可。

6月25日，同濟大學(xué)裴鋼校長(cháng)帶領(lǐng)“中醫大師傳承人才”班專(zhuān)家共13人來(lái)到深圳，參觀(guān)訪(fǎng)問(wèn)三九醫藥股份有限公司總部。

7月20日，首屆中國最具競爭力醫藥上市公司20強及最具投資價(jià)值醫藥上市公司10強在北京揭曉，三九醫藥股份有限公司（000999）在20強榜中位列第四。此次評選活動(dòng)由中國醫藥企業(yè)管理協(xié)會(huì )、《醫藥經(jīng)理人》聯(lián)合主辦。

8月18日，衛生部、國家發(fā)改委等九部委正式頒布《國家基本藥物目錄》，三九醫藥股份有限公司共有68個(gè)品種進(jìn)入《國家基本藥物目錄》，其中三九胃泰顆粒和正天丸（膠囊）兩個(gè)獨家中藥品種進(jìn)入《國家基本藥物目錄》。

8月25日，三九醫藥股份有限公司“單味中藥濃縮顆粒劑技術(shù)改造”項目，獲得深圳市貿易工業(yè)局下發(fā)的“項目竣工驗收結果通知書(shū)”。單味中藥濃縮顆粒劑技術(shù)改造”項目，于 2002年被列入國家第三批重點(diǎn)技改造項目之列，并在當年獲得國家2037萬(wàn)元人民幣的專(zhuān)項資金補助。

10月25日華潤集團總經(jīng)理喬世波等視察了江西三九藥業(yè)有限公司，重點(diǎn)了解該公司并購項目工作進(jìn)展情況。

11月10日，三九醫藥發(fā)布公告稱(chēng)：董事會(huì )決議公司名稱(chēng)由“三九醫藥股份有限公司”變更為“華潤三九醫藥股份有限公司”，將“華潤”字號植入公司名稱(chēng)，有利于借助華潤集團在國內市場(chǎng)的影響力和醫藥產(chǎn)業(yè)資源促進(jìn)公司業(yè)務(wù)成長(cháng)。